Клещевой энцефалит (весенне-летний клещевой менингоэнцефалит) — природно-очаговая вирусная инфекция, характеризующаяся лихорадкой, интоксикацией и поражением серого вещества головного мозга (энцефалит) и/или оболочек головного и спинного мозга (менингит и менингоэнцефалит). Заболевание может привести к стойким неврологическим и психиатрическим осложнениям и даже к смерти больного. По материалам отечественных эпидемиологов, в разных природных очагах в зависимости от конкретных экологических условий в популяциях таежного клеща может быть до 5–10% взрослых особей, одновременно зараженных боррелиями и вирусом КЭ. До 60% менингоэнцефалитов в Западной Сибири, связанных с укусами клещей, обусловлены сочетанной инфекцией вируса клещевого энцефалита и B. burgdorferi
Показания: 1) Уточнение диагноза клещевого энцефалита после укуса клеща; 2) Выявление возбудителя при латентном и бессимптомном течении воспалительного процесса; 3) Является единственным подтверждающим тестом, так как другие методы лабораторной диагностики (микроскопия и бактериологический) обладают более низкой чувствительностью по сравнению с ПЦР. 4) Контроль эффективности проведенного лечения.
Материал: клещи, кровь, ликвор, аутоптаты.

Возбудители моноцитарного эрлихиоза человека. Моноцитарный эрлихиоз человека – природно-очаговая трансмиссивная инфекция, основными переносчиками, которой, являются иксодовые клещи. При присасывании клеща эрлихии проникают в кровь, размножение происходит в эндотелии сосудов и моноцитах. Эрлихии поражают кожу, печень, ЦНС и костный мозг, образуя в этих органах инфекционные гранулемы. Клинически выраженное заболевание чаще регистрируется у детей и в группе пациентов старше 40 лет. 
Показания: лихорадка, головная боль, слабость, мышечные боли при наличии эпидемиологического анамнеза: присасывание клеща или посещение территории, где могло произойти нападение иксодовых клещей (лес, лесопарк, садовый участок, кладбище) в эпидемический сезон с апреля до конца ноября с учетом инкубационного периода.
Материал: клещи, кровь, ликвор, аутоптаты.

Возбудители иксодовых клещевых боррелиозов. Клещевой боррелиоз (болезнь Лайма) - инфекционное трансмиссивное природноочаговое заболевание, передающееся клещами, имеющее наклонность к хроническому и рецидивирующему течению и преимущественному поражению кожи, нервной системы, опорно-двигательного аппарата и сердца. Передача боррелий человеку осуществляется трансмиссивно, через укус иксодовых клещей. Частота инфицированности клещей боррелиями варьируется в широких пределах от 30 до 60%.
Показания: 1) Уточнение диагноза боррелиоза после укуса клеща при наличии симптомов раннего клещевого боррелиоза (головной боли, общей слабости, характерных поражений кожи в месте укуса клеща в виде кольцевидной эритемы); 2) Оценка эффективности лечения клещевого боррелиоза; 3) Дифференциальная диагностика диссеминированной и персистирующей форм клещевого боррелиоза и поражений другого происхождения при наличии соответствующей симптоматики; 4) Своевременное лечение и предотвращение осложнений после укуса клещом беременной женщины.
Материал: клещи, кровь, ликвор, аутоптаты.

Возбудитель гранулоцитарного анаплазмоза человека. Передается клещами рода Ixodes и проникает в кровь человека через кожу со слюной инфицированного клеща. Через кровь бактерии распространяются по всему организму, проникают внутрь гранулоцитарных клеток (нейтрофилов), в которых размножаются, и вызывают гранулоцитарный анаплазмоз. Естественным резервуаром данного микроорганизма являются грызуны в эндемичных районах. Среди всех заболеваний клещевыми инфекциями гранулоцитарный анаплазмоз составляет 23 %. До 2004 года заболевание называлось гранулоцитарным эрлихиозом и микроорганизм обозначался как Ehrlichia phagocytophila.
Показания: 1) Лихорадка, головная боль, слабость, мышечные боли при наличии эпидемиологического анамнеза: присасывание клеща или посещение территории, где могло произойти нападение иксодовых клещей (лес, лесопарк, садовый участок, кладбище) в эпидемический сезон с апреля до конца ноября с учетом инкубационного периода; 2) Подозрение на основании клинической картины и лабораторных анализов на анаплазмоз.
Материал: клещи, кровь, ликвор, аутоптаты.