Туберкулез

Туберкулез - хроническая инфекция с длительным периодом выделения возбудителя, многообразием клинических проявлений, поражением различных органов и систем - представляет непростую задачу для лабораторной диагностики. Молекулярно-биологические методы (ПЦР) используются для выявления, видовой дифференциации и определении лекарственной устойчивости микобактерий туберкулезного комплекса. 

Ввиду биологических особенностей возбудителя и иммунного ответа человека диагностика туберкулеза не может ограничиваться каким-либо одним методом и должна проводиться комплексно. 

Выбор, предобработка биоматериалов.

Возбудители туберкулеза могут быть обнаружены в различных биоматериалах, природа которых определяет выбор наборов реагентов для экстракции ДНК. Ключевой принцип выбора биоматериала для диагностики туберкулеза методом ПЦР: необходимо выбирать биоматериал, соответствующий клинической форме туберкулезной инфекции. 

Например, для диагностики туберкулеза мочеполовой системы нужно исследовать мочу или менструальную кровь, рекомендуется также исследовать биоптаты из подозрительного очага. Для диагностики туберкулеза легких используется мокрота, бронхо-альвеолярный лаваж.

Выявление микобактерий туберкулезного комплекса

Набор реагентов АмплиСенс® МТС-FL предназначен для обнаружения ДНК микобактерий туберкулеза – Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), включающий в себя виды микобактерий разной степени вирулентности, вызывающих туберкулез у человека (M.tuberculosis, M.bovis, M.africanum, M.microti, M.canetti, М.pinipedii). Данный набор реагентов используется в топической диагностике туберкулеза и позволяет быстро (за несколько часов) с высокой чувствительностью и специфичностью (близким к 100%) определять наличие микобактерий туберкулеза в образце биоматериала. Благодаря высокой скорости и информативности в диагностике туберкулеза, методы амплификации нуклеиновых кислот (в том числе ПЦР) в 2010 году были предложены CDC США для подтверждения диагноза туберкулеза наряду с культуральным методом.

Видовая дифференциация микобактерий туберкулеза методом ПЦР

Не менее важно дифференцирование до вида внутри группы MTC. Это связано с необходимостью определения источника заболевания, определения тактики противотуберкулезной терапии, а также для подтверждения случаев поствакцинальных осложнений.  С этой задачей позволяет справиться набор реагентов АмплиСенс® МТС-diff-FL, предназначенный для дифференцирования видов микобактерий туберкулеза внутри MTC: человеческого (M.tuberculosis), бычьего (M.bovis) и вакцинного штамма (M.bovis BCG) – в клиническом материале и культурах микроорганизмов.

Актуальность видовой дифференциации определяется, например, тем, что разные виды микобактерий отличаются профилем лекарственной устойчивости. Например, M.bovis и её вакцинный штамм M.bovis BCG отличаются природной резистентностью к одному из основных противотуберкулезных препаратов - пиразинамиду. Поэтому при туберкулезе, вызванной M.bovis, и БЦЖите пиразинамид не назначается. 

Видовая дифференциация микобактерий туберкулеза имеет особую ценность в диагностике БЦЖита (осложнений от введения вакцины БЦЖ). Несмотря на то, что в МР № 99/219 «Диагностика поствакцинальных осложнений после введения вакцины БЦЖ» сказано, что использование предложенного диагностического комплекса (культуральное исследование + ИФА для обнаружения антигена) позволяет в 100% случаев верифицировать диагноз БЦЖит, очевидно, что данные методы не позволяют дифференцировать M.bovis от ее вакцинного штамма M.bovis BCG. 

Приказом Минздрава РФ от 21.03.2003 № 109 "О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации" (ред. от 29.10.2009) регламентировано применение наборов реагентов, дифференцирующих M.bovis от ее вакцинного штамма M.bovis BCG, для диагностики БЦЖита.

Взятие, транспортирование и хранение исследуемого материала.

1. Бронхо-альвеолярный лаваж (БАЛ) или промывные воды бронхов (ПВБ), ликвор собирают в одноразовые плотно завинчивающиеся емкости из полипропилена   (во   избежание   адгезии   клеток   на   внутренней   поверхности емкости) объемом не менее 5 мл.
2. Мокроту, мочу (среднюю порцию) собирают в одноразовые градуированные завинчивающиеся емкости с широким горлом объемом не менее 50 мл.
3. Кровь, плевральную жидкость собирают в пробирки типа Vacuette с раствором или напылением ЭДТА. Закрытую пробирку с материалом несколько раз переворачивают,   чтобы   перемешать   консервант.   Для   анализа   используют цельную кровь, собранную у пациента утром натощак.
4. Менструальную кровь собирают с помощью колпачка Кафка, собранную кровь переносят в сухую одноразовую пробирку.
5. Синовиальную жидкость собирают в сухую одноразовую пробирку.
6. Секрет предстательной железы получают одним из двух способов: а)  После  окончания  массажа  предстательной  железы  ее  секрет  собирают  в одноразовую стерильную пробирку объемом 1,5 мл; б) При невозможности получить секрет – сразу после массажа собирают первую порцию мочи (в которой содержится секрет предстательной железы).
7. Тканевой (биопсийный и операционный) материал помещают в пробирки типа Vacuette   с  напылением  раствора  ЭДТА  или  в  одноразовую  пробирку, содержащую 0,2 мл стерильного физиологического раствора.
8. Культуры микроорганизмов, выросшие на селективных для микобактерий туберкулеза питательных средах.
9. Смывы   с   объектов   окружающей   среды   берут   зондами   с   тампонами, смоченными стерильным физиологическим раствором. Площадь смыва с плоской поверхности составляет 5-10 см2. Рабочую часть зонда с тампоном помещают в пробирку объёмом 1,5 мл с 0,5 мл стерильного физиологического раствора, верхнюю часть зонда отламывают и удаляют.

Хранение материала (в случае отсроченного выполнения анализа, резервирования   материала   для   возможной   перестановки,   а   также   хранения архивных образцов) возможно по следующей схеме: предполагаемое хранение в течение 3 суток (кроме мочи) – допускается температура от 2 до 8 °С; хранение не более  1  года  -  допускается  температура  не  выше минус  16 °С;  архивирование образцов на срок более 1 года – температура не должна превышать минус 68 °С. Мочу  хранить  при температуре  от  2  до  8 °С  не  более  6  ч,  в  дальнейшем  – замораживать. Кровь не замораживают! Допускается двукратное замораживание-оттаивание остального клинического материала.

 Транспортирование материала осуществляют в термоконтейнере с хладагентом не более 3 суток

Диагностика инфекций, вызванных  Mycoplasma pneumonia.

Возбудителем респираторного микоплазмоза является Mycoplasma pneumoniae - представитель класса Mollicutes, объединяющего бесстеночные, способные к автономному существованию бактерии, по уровню структурной организации занимающие промежуточное положение между бактериями и вирусами. Респираторный микоплазмоз - распространенное антропогенное заболевание. Особенностью респираторного микоплазмоза является периодичность эпидемий с интервалами, по данным разных источников, варьирующими от 3 до 7 лет. Распространению инфекции способствует частота и длительность контактов среди лиц, пребывающих в закрытых и полузакрытых коллективах (военнослужащие, школы-интернаты), особенно при их формировании. В 3-10% случаев микоплазменной инфекции рентгенологически диагностируется пневмония.  В 1-5% случаев заболеваний респираторным микоплазмозом требуется госпитализация. Микоплазменная пневмония сопровождается частым мучительным и продолжительным кашлем со скудной вязкой мокротой, которая плохо эвакуируется, отмечаются боли в грудной клетке, может развиться обструкция бронхов. Диагностика микоплазменной пневмонии только на основании клинических или рентгенологических данных невозможна, поскольку не имеет патогномонических черт. Основная роль в подтверждении микоплазменной этиологии пневмонии отводится лабораторной этиологической диагностике. Для этиологической диагностики микоплазменной пневмонии применяют: обнаружение ДНК М. pneumoniae методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в режиме реального времени (ПЦР-РВ); выявление антигена микоплазм в реакции прямой иммунофлуоресценции (РИФ); серологические исследования по обнаружению специфических антител класса IgM и IgG к M. pneumoniae в сыворотках крови методом иммуноферментного анализа (ИФА). Mycoplasma pneumoniae относится к трудно культивируемым микроорганизмам.

С целью быстрой этиологической диагностики пневмонии рекомендуется использовать ПЦР при исследовании биологического материала, полученного из нижних дыхательных путей (мокрота при глубоком откашливании, аспираты из трахеи, мокрота, полученная в результате индукции посредством ингаляции гипертонического раствора натрия хлорида, жидкость бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ), получаемая с помощью фибробронхоскопии. При получении положительного результата ПЦР при исследовании биологического материала, полученного из нижних дыхательных путей, этиология пневмонии считается установленной. При невозможности получения биологического материала из нижних дыхательных путей для ПЦР допустимо использовать мазки из верхних дыхательных путей (объединенный мазок из носоглотки и задней стенки глотки), и при получении положительного результата следует считать этиологию пневмонии предположительно установленной.

Диагностика инфекций, вызванных Chlamydophila pneumoniae.

 Chlamydophila pneumoniae- патогенная для человека грамотрицательная бактерия с облигатным внутриклеточным типом паразитирования, обладает тропизмом к клеткам столбчатого цилиндрического эпителия слизистых оболочек человека, в частности, к эпителию бронхиол, бронхов, а также к альвеолярным макрофагам, моноцитам. Для C. pneumoniae-инфекции характерна генерализация процесса, вследствие чего возбудитель может инфицировать эндотелиальные клетки сосудов, синовиальные клетки, гепатоциты и ткани нервной системы.

С. pneumoniae вызывает пневмонии различной тяжести, длительно протекающие бронхиты, фарингиты, синуситы. Пневмония, вызванная С. pneumoniae обычно имеет благоприятное течение, в редких случаях течение очень тяжелое. Микст-инфекция, например сочетание с пневмококком или наличие тяжелых сопутствующих заболеваний, особенно у пожилых лиц, осложняет течение заболевания и увеличивает риск летального исхода. Нередко инфекция протекает малосимптомно. В группу риска попадают все возраста, но частота заболеваемости хламидийной пневмонией выше у детей школьного возраста. Заболеваемость среди мужчин выше, чем среди женщин. Эпидемические вспышки происходят каждые 4-10 лет.

Наиболее специфичным и чувствительным методом выявления возбудителя является ПЦР- диагностика в реальном времени (ПЦР-РВ).  Высокая чувствительность и отсутствие ложноположительных результатов могут быть обеспечены использованием только лицензированных наборов для эффективного выделения ДНК из клинического материала и наборов для постановки ПЦР современного поколения на основе ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ).

 При получении положительного результата ПЦР при исследовании биологического материала, полученного из нижних дыхательных путей, этиология пневмонии считается установленной. Однако при пневмониях, вызванных Chlamydophila  pneumoniae, кашель часто бывает непродуктивным, в таких случаях для ПЦР рекомендуется использовать мазки из верхних дыхательных путей (объединенный мазок из носоглотки и задней стенки глотки), и при получении положительного результата следует считать этиологию пневмонии предположительно установленной.

Материалом для проведения ПЦР служат пробы ДНК, полученные из образцов следующего материала: мокроты (либо аспиратов из трахеи), промывных вод бронхов, бронхо-альвеолярного лаважа, мазков со слизистой нижнего носового хода и задней стенки ротоглотки,  секционного материала, цельной крови.

Взятие мазков со слизистой нижнего носового хода

Мазки берут сухим стерильным назофарингеальным велюр-тампоном на пластиковом аппликаторе. Если полость носа заполнена слизью, перед процедурой рекомендуется провести высмаркивание. Зонд вводят легким движением по наружной стенке носа на глубину 2-3 см до нижней раковины. Затем зонд слегка опускают книзу, вводят в нижний носовой ход под нижнюю носовую раковину до носоглотки, делают вращательное движение и удаляют вдоль наружной стенки носа.

После взятия материала тампон (рабочую часть зонда с тампоном) помещают до места слома в стерильную одноразовую пробирку с 500 мкл транспортной среды для хранения и транспортировки респираторных мазков. Конец зонда отламывают с расчетом, чтобы он позволил плотно закрыть крышку пробирки. Пробирку с раствором и рабочей частью зонда закрывают и маркируют.

Взятие мазков из ротоглотки

Мазки из ротоглотки берут сухими стерильными зондами с вискозными тампонами вращательными движениями с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки.

После взятия материала тампон (рабочую часть зонда с вискозным тампоном) помещают в стерильную одноразовую пробирку с 500 мкл транспортной среды для хранения и транспортировки респираторных мазков. Конец зонда отламывают, придерживая крышкой пробирки с расчетом, чтобы он позволил плотно закрыть пробирку. Пробирку с раствором и рабочей частью зонда закрывают и маркируют.

Допускается хранение клинического материала до проведения исследования в течение 3 суток при температуре от 2 до 8 °С или 1 неделю при температуре не выше минус 16 °С.

Мокрота или аспират из трахеи

Мокроту собирают в стерильные герметичные одноразовые пластиковые контейнеры, после предварительного полоскания полости рта водой. Аспираты из трахеи получают традиционным способом и помещают в стерильные герметичные одноразовые пластиковые контейнеры.

Бронхо-альвеолярный лаваж (БАЛ) или промывные воды бронхов (ПВБ) собирают в одноразовые плотно завинчивающиеся емкости из полипропилена (во избежание адгезии клеток на внутренней поверхности емкости) объемом не менее 5 мл.

Допускается хранение вышеперечисленного материала до проведения исследования в течение 1 суток при температуре от 2 до 8 °С или 1 неделю при температуре не выше минус 16 °С.

Секционный материал помещают в стерильные одноразовые контейнеры и замораживают сразу после взятия либо исследуют в течение 1 ч. Дальнейшее хранение материала возможно в течение года при температуре не выше минус 68 °С. Допускается однократное замораживание-оттаивание материала.

Цельную кровь собирают в пробирки типа Vacuette с раствором или напылением ЭДТА. Закрытую пробирку с материалом несколько раз переворачивают, чтобы перемешать консервант. Для анализа используют цельную кровь, собранную у пациента утром натощак, без предварительной подготовки.

Внимание! Данный материал не используется для диагностики ОРЗ.

Допускается хранение в течение 3 суток при температуре от 2 до 8 °С.

ОРВИ

Острые респираторные вирусные инфекции (ОРВИ) – группа вирусных заболеваний верхних и нижних дыхательных путей, передаются воздушно-капельным путем и характеризуются симптомами инфекционного токсикоза. В настоящее время вирусные инфекции респираторного тракта представляют собой актуальную медицинскую проблему, имеющую важное социально-экономическое значение. По данным Роспотребнадзора, в структуре инфекционных и паразитарных болезней преобладают острые инфекции верхних дыхательных путей множественной и неуточненной локализации, составляя 92,2 %. Официально регистрируется более 30 млн случаев острых респираторных заболеваний, из них более 21 млн случаев – у детей до 17 лет. Однако в большинстве случаев пациенты с легкими формами заболевания не обращаются в лечебно-профилактические учреждения, что значительно увеличивает реальное количество заболевших острыми респираторными вирусными инфекциями.

Клинические особенности ОРВИ и их осложнения

Этиологическая структура ОРВИ представлена вирусами гриппа, парагриппа, риновирусами, аденовирусной и респираторно-синцитиальной инфекцией, коронавирусами. В настоящее время известно более 300 вирусов, поражающих верхние и нижние отделы дыхательной системы. При этом распространенность различных вирусов существенно различается в разных группах пациентов. В последние десятилетия исследователи подтверждают этиологическую значимость метапневмовируса и бокавируса в возникновении инфекционных заболеваний дыхательных путей у детей. Выявление двух и более вирусов у пациента встречается примерно в 5 % случаев. Наиболее часто полиэтиологичное инфицирование регистрируется в организованных коллективах. Для ОРВИ характерна цикличность и сезонность эпидемиологического процесса, чередование подъемов и спадов заболеваемости. Источником инфекции является больной человек, однако наибольшую опасность представляют пациенты со стертыми клиническими формами инфекции, а также вирусоносители. ОРВИ распространяются преимущественно воздушно-капельным и воз- душно-пылевым путями, однако передача некоторых вирусов возможна и контактно-бытовым пу- тем. ОРВИ регистрируются в виде спорадических заболеваний, вспышек, эпидемий и пандемий. Причинами быстрого повсеместного распространения вирусной инфекции дыхательных путей яв-ляются высокая контагиозность, короткий инкубационный период,  полиэтиологичность инфицирования, снижение иммунного статуса населения, отсутствие иммунитета к новым реассортантам, урбанизация, миграция населения и т. д. Наиболее подвержены инфицированию дети дошкольного возраста, пожилые люди, беременные, пациенты с тяжелыми хроническими заболеваниями и иммунодефицитными состояниями. Клиническая картина заболевания развивается от нескольких часов до 14 дней с момента инфицирования в зависимости от этиологического агента. Для вирусных инфекций дыхательных путей характерны интоксикационный и катаральный синдромы различной степени выраженности. Осложнения ОРВИ и гриппа проявляются в виде отитов, синуситов, пневмоний – присоединения бактериальных агентов, обострения хронических заболеваний органов и систем и т.д.Дифференциальная диагностика по характерным симптомам затруднена и возможна лишь на ранней стадии заболевания. На пике заболевания патологический процесс в дыхательных путях нередко распространяется с вовлечением всей слизистой оболочки – как верхних, так и нижних отделов дыхательных путей. Кроме того, сходные с ОРВИ симптомы могут наблюдаться при других вирусных заболеваниях, таких как инфекционный мононуклеоз и гепатит. Помимо вирусов некоторые виды бактерий, в том числе хламидии и микоплазмы, способны поражать дыхательные пути, вызывая сходные с ОРВИ симптомы.

Риск заболевания и смертности для беременных при гриппе выше, чем для небеременных женщин, что первую очередь связано с развитием осложнений, а именно пневмоний, регистрируемых в период эпидемий. При этом следует отметить лидирующее место ОРВИ в структуре экстрагенитальной патологии при беременности (более 2/3 от общей заболеваемости острыми инфекция- ми), что обусловлено высокой восприимчивостью беременных к вирусным инфекциям, склонностью к хронизации патологических процессов. Для беременных характерно затяжное течение ОРВИ при отсутствии тяжелых клинических проявлений, это связано с повышенной способностью вирусов респираторной группы к репликации в плаценте, а также особенностями иммунной системы беременной женщины . Основной проблемой является решение вопроса о необходимости назначения противовирусной терапии при беременности, поскольку традиционно в лечении больных ОРВИ широко используют симптоматические средства, а этиотропные препараты рекомендуются только для тяжелых форм ОРВИ и в случаях, когда эпидемиологические данные дают основание подозревать наличие вируса гриппа.

Другой наиболее уязвимой категорией пациентов в плане развития тяжелых форм ОРВИ являются дети первых лет жизни, прежде всего – рожденные раньше положенного срока. Это обусловлено целым рядом факторов. Особенно опасной для таких пациентов является 4 респираторно-синцитиальная вирусная инфекция. Для сравнения: летальность при ней превышает таковую от гриппа у детей в возрасте до 1 года в 8,8 раза. Учитывая отсутствие широких возможностей для лечения респираторно-синцитиальной вирусной инфекции у детей, в настоящее время на первый план выходит ее диагностика и профилактика. Лабораторное обследование с целью выявления гриппа и ОРВИ необходимо проводить лицам с высоким риском неблагоприятного исхода инфекционного процесса (беременные, лица с хроническими заболеваниями органов и систем, новорожденные), больным с тяжелым и нетипичным течением заболевания, пациентам, госпитализированным с подозрением на гриппоподобные заболевания, в первую очередь лицам, находящимся в организованных коллективах (интернаты, приюты, общежития, казармы и т.д.). При систематическом мониторинге и расшифровке этиологии заболеваний гриппом и ОРВИ рекомендовано использовать методы быстрой лабораторной диагностики (иммуноферментный анализ и полимеразную цепную реакцию).

Определение возбудителя ОРВИ в каждом конкретном случае имеет важнейшее значение для выбора терапии, поскольку позволяет:

1. на самых ранних стадиях заболевания поставить этиологический диагноз;

2. определить тактику ведения пациента (лечение может быть как симптоматическим (при риновирусной инфекции), так и предполагающим использование этиотропных противовирусных препаратов;

3. оценить прогноз течения заболевания и риск вероятных осложнений;

4. осуществлять динамическое наблюдение за течением заболевания;

5. проводить быструю расшифровку вспышек ОРВИ и мониторинг эпидемиологической обстановки эпидемиологическими службами;

6. принять обоснованное решение о возможности госпитализации пациента с катаральными симптомами в неинфекционные отделения или о необходимости перевода такого пациента в специализированную клинику.

Метод ПЦР позволяет выявлять и идентифицировать ДНК или РНК вируса в течение нескольких часов. Использование метода наиболее эффективно при стертых и атипичных формах заболевания, на ранних стадиях острого инфекционного процесса, а также при проведении дифференциальной диагностики ОРВИ с патологическими процессами в респираторном тракте, вызванными бактериальными агентами, что позволит своевременно назначить лекарственную терапию инфекционного процесса до возникновения осложнений.
Материал: мазки из полости носа и   ротоглотки, смывы из полости носа и  ротоглотки, мокрота (либо аспираты из носоглотки и трахеи), бронхоальвеолярный  лаваж (БАЛ), секционный материал.

Мазки из полости носа

Взятие   материала: мазки (слизь) берут сухими стерильными свабами на пластиковом аппликаторе. Рабочую часть зонда вводят легким движением по наружной стенке носа на глубину 23 см до нижней раковины. Затем зонд слегка опускают книзу,вводят в нижний носовой ход под нижнюю носовую раковину, делают вращательное движение и удаляют вдоль наружной стенки носа. После взятия материала  рабочую часть зонда с велюр-тампоном помещают в стерильную одноразовую пробирку с защелкивающейся (или закручивающейся) крышкой, содержащую соответствующую транспортную среду, и аккуратно обламывают пластиковый стержень, оставляя рабочую часть зонда с материалом в транспортной среде. Пробирку плотно закрывают крышкой.
Условия хранения и перевозки материала: 1) при комнатной температуре  в течение 6ч; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Мазки из ротоглотки

Взятие   материала: мазки берут сухими стерильными свабами на пластиковом аппликаторе вращательными движениями с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки. После взятия материала рабочую часть зонда с велюр-тампоном помещают в стерильную одноразовую пробирку со специальной транспортной средой и аккуратно обламывают пластиковый стержень, оставляя рабочую часть зонда с материалом в транспортной среде. Пробирку плотно закрывают крышкой.
Условия хранения и перевозки материала: 1) при комнатной температуре  в течение 6 ч; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Смывы из полости носа

Взятие   материала: взятие материала проводят в положении больного сидя с отклоненной назад головой путем введения с помощью одноразового шприца (зонда) теплого стерильного изотонического раствора натрия хлорида (35 мл) поочередно в каждый из носовых ходов. Промывную жидкость собирают через стерильную воронку  в одну стерильную пробирку.

Не допускается повторное использование воронки без  предварительного обеззараживания паром под давлением.
Условия хранения и перевозки материала: 1) при температуре 28 °С  в течение 6 ч; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Смывы из ротоглотки

Взятие   материала: перед взятием смывов из ротоглотки проводят предварительное полоскание полости рта водой. После этого проводят тщательное полоскание ротоглотки в течение 1015 с 2540 мл изотонического раствора натрия хлорида. Жидкость собирают через стерильную воронку в стерильный флакон объемом 50-60мл
Условия хранения и перевозки материала: 1) при комнатной температуре — в течение 6 часов; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Мокрота

Взятие   материала: взятие материала осуществляют в количестве не менее 1,0 мл в одноразовые градуированные стерильные флаконы с широким горлом и завинчивающимися крышками объемом не менее 50 мл
Условия хранения и перевозки материала: 1) при комнатной температуре — в течение 6 часов; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Бронхо-альвеолярный лаваж или промывные воды бронхов (ПВБ)

Взятие   материала: взятие материала осуществляют в одноразовые, плотно завинчивающиеся пробирки объемом 50 мл
Условия хранения и перевозки материала: 1) при температуре 28 ° С  в течение 1 суток;

Биопсийный или аутопсийный материал

Взятие   материала: материал забирают из зоны предполагаемого местонахождения возбудителя инфекции, из поврежденной ткани или из пограничного с поврежденным местом участка. Кусочки ткани диаметром не более 5 мм помещают в одноразовые стерильные пробирки объемом 2 мл, содержащих соответствующую транспортную среду. Пробирку плотно закрывают. Макроаутоптат помещают в контейнер с физиологическим раствором или специальной транспортной средой.
Условия хранения и перевозки материала: 1) при комнатной температуре  в течение 6 часов; 2) при температуре 28 ° С  в течение 3 суток.

Коклюш, паракоклюш, бронхисептикоз.

Коклюш - заболевание, продолжающееся минимум две недели, без явлений интоксикации и повышения температуры тела, протекающее с приступообразным кашлем, усиливающимся ночью и по утрам, сопровождающимся покраснением лица, шумными вдохами (репризами), заканчивающимся отхождением вязкой слизи или рвотой в конце приступа кашля.

Осложнения коклюша:

Специфические: эмфизема легких, эмфизема средостения и подкожной клетчатки, ателектазы, коклюшная пневмония, нарушения ритма дыхания (задержки дыхания - до 30 с; остановки - апноэ - более 30 с), нарушение мозгового кровообращения, кровотечения (из носа, заднеглоточного пространства, бронхов, наружного слухового прохода), кровоизлияния (в кожу и слизистые оболочки, склеру и сетчатку глаз, головной и спинной мозг), грыжи (пупочная, паховая), выпадение слизистой оболочки прямой кишки, разрывы барабанной перепонки и диафрагмы.

Неспецифические осложнения обусловлены наслоением вторичной бактериальной флоры (пневмония, бронхит, ангина, лимфаденит, отит и др.). Резидуальные явления: хронические бронхолегочные заболевания (хронический бронхит, бронхоэктатическая болезнь); задержка психомоторного развития, неврозы, судорожный синдром, различные речевые расстройства; энурез; редко - слепота, глухота, парезы, параличи. 

Лабораторная диагностика

Лабораторные исследования проводят с диагностической целью и по эпидемическим показаниям:

1) с диагностической целью:

- детям, кашляющим в течение 7 дней и более, независимо от указаний на контакт с больным коклюшем;

 - детям с подозрением на коклюш и коклюшеподобные заболевания по клиническим данным; - взрослым с подозрением на коклюш и коклюшеподобные заболевания, работающим в родильных домах, детских больницах, санаториях, детских образовательных учреждениях и школах, в т.ч. закрытого типа;

2) по эпидемическим показаниям (лицам, бывшим в контакте с больным):

- детям, посещающим детские образовательные учреждения, находящимся в детских больницах, санаториях, в которых были выявлены больные коклюшем/паракоклюшем, а также всем детям до 14 лет, общавшимся с больным коклюшем/паракоклюшем в домашних условиях;

 - взрослым, работающим в указанных выше детских учреждениях, при выявлении в них больных коклюшем/паракоклюшем, а также при общении с больным коклюшем/паракоклюшем в домашних условиях.

Диагноз "коклюш, вызванный B. pertussis" ставится при подтверждении клинического диагноза "коклюш" хотя бы одним из указанных методов:

- выделение культуры B. pertussis; - обнаружение специфического фрагмента генома B. pertussis методом ПЦР; - у привитых детей и взрослых: выраженная сероконверсия, т.е. увеличение или уменьшение в 4 и более раз уровня специфических IgG и/или IgA (ИФА) или уровня агглютинирующих антител (РА) при исследовании парных сывороток, взятых с интервалом не менее 2 недель;

 - у взрослых: допустимо однократное обнаружение специфических IgM (ИФА); - у непривитых детей: однократное обнаружение специфических IgM, и/или IgA, и/или IgG (ИФА) или антител в титре 1/80 и более (РА).

Диагноз "коклюш, вызванный B. parapertussis" ставится в случае: - выделения культуры B. parapertussis; - или при обнаружении фрагмента генома B. parapertussis методом ПЦР;

 - или при обнаружении антител к B. parapertussis методом РА в титре не менее 1/80.

Диагноз "бронхисептикоз" ставится при выделении культуры B. bronchiseptica или при обнаружении специфического фрагмента генома B. bronchiseptica методом ПЦР.

Обследование методом ПЦР нередко оказывается эффективнее бактериологического метода в более поздние сроки заболевания и на фоне лечения антибиотиками.

Материал для исследования:

1.мазки со слизистой нижнего носового хода и задней стенки ротоглотки

2. культуры микроорганизмов.

Взятие  мазков  со  слизистой  нижнего  носового  хода

Мазки берут сухим стерильным назофарингеальным велюр-тампоном на пластиковом аппликаторе. Если полость носа заполнена слизью, перед процедурой рекомендуется   провести   высмаркивание.   Зонд   вводят   легким   движением   по наружной стенке носа на глубину 2-3 см до нижней раковины. Затем зонд слегка опускают книзу, вводят в нижний носовой  ход под нижнюю носовую раковину до носоглотки, делают вращательное движение и удаляют вдоль наружной стенки носа.После взятия материала тампон (рабочую часть зонда с тампоном) помещают до места слома в стерильную одноразовую пробирку с 500 мкл транспортной среды для хранения и транспортировки респираторных мазков. Конец зонда отламывают с расчетом, чтобы он позволил плотно закрыть крышку пробирки. Пробирку с раствором и рабочей частью зонда закрывают и маркируют.

Взятие  мазков  из ротоглотки

Мазки   из   ротоглотки   берут   сухими   стерильными   зондами   с   вискозными тампонами вращательными движениями с поверхности миндалин, небных дужек и задней стенки ротоглотки.

После взятия материала тампон (рабочую часть зонда с вискозным тампоном) помещают в стерильную одноразовую пробирку с 500 мкл транспортной среды для хранения и транспортировки респираторных мазков. Конец зонда отламывают, придерживая крышкой пробирки с расчетом, чтобы он позволил плотно закрыть пробирку. Пробирку с раствором и рабочей частью зонда закрывают, маркируют.

Хранение

Допускается хранение клинического материала до проведения исследования в течение 3 суток при температуре от 2 до 8 °С или 1 неделю – при температуре не выше минус 16 °С.